套期保值是以回避現貨價格風險為目的的期貨交易行為。要實現這一目的，通常要求投資者在期貨市場買進或賣出與現貨資產品種相同、數量相當、方向相反、月份相同的期貨合約，從而在期貨和現貨兩個市場之間建立盈虧對沖機制，進而規避現貨價格波動風險。盡管套保目的是對沖風險，但是套保中的一些內在機制決定瞭套保本身也存在風險。
首先是基差風險。套保交易中，隻有現貨價格變動幅度和期貨價格變動幅度完全相同，才會達到完美套期保值的目的。實際中，兩個市場變動幅度完全相同的情況非常罕見。如果兩個市場波動不完全相同，就會出現凈盈利或凈虧損的情況，這就是基差風險。基差的大小變化有“走強”和“走弱”兩種。如果基差走強，買入套期保值者就會遭到虧損；如果基差走弱，賣出套期保值者就要遭受損失。
其次，交叉套保風險。品種相同是套期保值的一個基本原則，也就是說，所選擇的期貨品種必須與現貨品種相同。隻有品種相同，期貨價格和現貨價格之間才有可能形成密切的關系，價格走勢才能趨同。股指期貨交易的對象滬深300指數是特定的，無論投資者的現貨股票組合構造的如何完美，都不可能與指數構成完全相同。所以，在股指期貨套期保值中，通常采用“交叉套期保值”的方法，也就產生瞭“交叉套保”風險。
再者，數量風險。套期保值要求堅持數量相等原則，即所選用的期貨合約數量必須和現貨頭寸相等。因為隻有兩個市場交易品種數量相等，才能使一個市場盈利額與另一個市場虧損額相等。我們知道，套期保值期貨合約數=(現貨資產價值/期貨合約規模)×β系數。根據數量相等原則，股票現貨在總額上必須能被期貨合約整除。對於出現的除不盡情況，如果四舍五入，則會出現保值不足；如果向上進位，則又會保值有餘。因而產生一定的差異就再說難免。
還有，模型風險。套期保值需要計算β系數，並假定現貨股票組合嚴格按照β系數比例漲跌。然而現實中，這很難實現。盡管β系數的計算有普通最小二乘法、B-VAR模型、VECM模型以及ARCH模型等多種計算方法，但是不管哪種方法計算的β系數都是基於歷史數據，其代表的是歷史上該股票現貨組合與滬深300指數的相互關系。歷史不同於現實，投資者現貨組合在未來時間的實際β系數與歷史β系數之間必然會存在一定誤差。如果實際β值大於歷史β值，在上升行情中，買入套期保值者就會遭受損失；如果實際β值小於歷史β值，在上升行情中，買入套期保值者則有盈利。對於賣出套期保值者來說，影響正好相反。
最後，成本風險。套期保值的成本主要包括三個方面：一是交易手續費；二是交易保證金；三是潛在資金需求。套保過程中，如果套保合約虧損達到一定程度，就必須追加保證金，否則所持合約頭寸將被強行平倉，致使套期保值失敗。即使是行情發展有利於期貨合約持倉頭寸，在資金安排上也要留有餘地以備不時之需。這些成本因素的存在有可能完全抵消套保的收益。