在股指期貨套利交易中，期現套利由於風險較小而倍受投資者青睞，但我們仍有必要對期現套利策略的主要風險做一個識別。
首先是資金(現金流)風險。股指期貨采用逐日盯市的制度，因此期貨端的資金控管尤為重要，特別是當股指和股指期貨同時上揚時，期現套利將會面臨由於股指期貨上揚而帶來的資金壓力。因此，投資者必須預留充足的儲備資金以防止由於期貨端可用資金不足而被強制平倉的風險。在開倉前，需要合理地評估需要預留的可用資金數目，這裡采用VaR方法：
VaR(value at risk)，即風險價值，是指在市場正常波動和一定的概率水平下，某一個金融資產或證券組合在未來特定一段時間內的最大可能損失。
VaR計算預留資金示例：
2010年10月份曾出現股指期現價差大幅拉升的極端情況，最高超過120點，出現瞭很大的套利空間。但是有很多投資者由於沒有預留足夠的資金，在開倉後股指大幅拉升的情況下，期貨空單出現大幅虧損而被迫平倉離場，造成瞭不必要的損失。
2010年10月15日，當股指期貨主力合約價格3380點時，基差為50點，假設投資者此時開倉，距離到期時間還有25個交易日。
按照方差分析方法，這裡的市場因子為滬深300現指價格，該指數歷史上的波動率為1.84%，25天的波動率為1.84%×sqrt(25)=9.2%，如果設定的置信度為95%，則我們認為在95%的情況下，25天內滬深300現指不會上漲超過VaR=1.65×9.2%=15.18%，轉換成指數點為513點。因而每手股指期貨持倉需要預留的資金為513×300=153900元。
按照歷史模擬方法，將市場因子300現指價格收益率排序，選擇數據長度為之前的25×50個交易日，選擇95%的置信度，分位數選擇後，25天的最高5%的分位數為18.6%，即按照歷史模擬法得出VaR=18.6%，轉換成指數點為628.6點，因而每手股指期貨持倉需要預留資金188580元。
按照以上兩種方法得出的結果之所以略有不同，是因為假設條件有所不同。在後來的行情中，股指期貨主力合約10月27日攀高到3606.2點，較開倉價格3380點上漲226.2點，期貨上的浮虧為67860元，預留的資金不管用哪個方法計算都足以滿足需求。雖然我們不知道開倉後價差會怎麼走，但我們知道期現價差最終肯定會收斂。
其次是現貨股票追蹤風險。在期現套利交易中，由於我們是通過買入滬深300成分股票或者買入ETF或ETF組合來擬合滬深300現貨指數的走勢，因此現貨部位的收益率和300現指的收益率之間就存在著差異。這個差異會導致套利的總體收益較預期收益更大或更小，這種不確定性就構成瞭風險，但一般而言如果選用ETF組合，風險會相對較小。
將日追蹤偏差(TD)的標準差定義為追蹤誤差。追蹤偏差的定義為：
追蹤偏差的定義
從去年的數據來看，構建ETF組合後，其追蹤誤差為0.23%。照此計算，在極端情況下，套利持有期為15個交易日，假定追蹤偏差TD呈現正態分佈，則95%置信度下，最大出現的不利追蹤偏差為1.47%。也就是說，本次收益率可能還要扣除由追蹤誤差帶來的最大不利偏差1.47%。在計算套利空間時，最好綜合評估一下可能帶來的追蹤誤差影響。
此外，股指期現套利交易還面臨強制減倉、股票T+1交易規定等交易制度上的風險，由於交易員下錯單和IT交易系統可能出現問題帶來的操作風險，以及期現貨市場的流動性風險和沖擊成本等，進行期現套利交易的過程中也需要重點關註。